如何在 Nextflow 中调用脚本中创建的变量？

问题描述

我有一个从文本文件创建变量的 nextflow 脚本，我需要将该变量的值传递给命令行命令（这是一个 bioconda 包）。这两个过程发生在“脚本”部分。我尝试使用“$”符号调用变量但没有任何结果，我认为是因为在 nextflow 脚本的脚本部分中使用该符号是为了调用输入部分中定义的变量。

为了让自己更清楚，这里是我试图实现的代码示例：

params.gz_file = '/path/to/file.gz'
params.fa_file = '/path/to/file.fa'
params.output_dir = '/path/to/outdir'

input_file = file(params.gz_file)
fasta_file = file(params.fa_file)

process foo {
    //publishDir "${params.output_dir}",mode: 'copy',input:
    path file from input_file
    path fasta from fasta_file

    output:
    file ("*.html")

    script:
    """
    echo 123 > number.txt
    parameter=`cat number.txt`
    create_report $file $fasta --flanking $parameter 
    """
}

通过这样做，我收到的错误是：

Error executing process > 'foo'
Caused by:
  UnkNown variable 'parameter' -- Make sure it is not misspelt and defined somewhere in the script before using it

有没有办法在脚本内部调用变量 parameter 而无需 Nextflow 将其解释为输入文件？提前致谢！

解决方法

有关 script block 的文档在这里很有用：

由于 Nextflow 使用相同的 Bash 语法进行变量替换 字符串，您需要根据您是否想要仔细管理它们 在 Nextflow 上下文中评估变量 - 或 - 在 Bash 中 环境执行。

一种解决方案是通过使用反斜杠 (\) 字符作为前缀来对 shell (Bash) 变量进行转义，如下例所示：

process foo {

    script:
    """
    echo 123 > number.txt
    parameter="\$(cat number.txt)"
    echo "\${parameter}"
    """
}

另一种解决方案是改用 shell block，其中美元 ($) 变量由您的 shell（Bash 解释器）管理，而感叹号 (!) 变量由下一个流程。例如：

process bar {

    echo true

    input:
    val greeting from 'Hello','Hola','Bonjour'

    shell:
    '''
    echo 123 > number.txt
    parameter="$(cat number.txt)"
    echo "!{greeting} parameter ${parameter}"
    '''
}

,

在顶部的“params”部分声明“参数”。

params.parameter="1234"
(..)
script:
"""
(...)
create_report $file $fasta --flanking ${params.parameter} 
(...)
"""
(...)

并使用“--parameter 87678”调用“nextflow run”