问题描述
我正在处理来自 GBS 的原始读取。我的最终目标是使用 Stacks 管道(denovo 版本)获取 SNP 数据集。
解复用后,我得到每个样本大约 200 万个单端读取。
但是,在移除 Illumina 适配器、过滤读数并将它们全部修剪为相同长度后(因为 denovo 管道要求读数具有相同长度),我每个样本只能平均获得 50,000 个读数。
这对于 GBS 派生数据是否正常?调用 SNP 并运行管道就足够了吗?我认为我的大部分读数都比这短,这就是它们被过滤掉的原因,但是如果我将最小长度设置为
有人对此有任何建议或想法吗?
非常感谢
朱莉娅
解决方法
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