问题描述
我正在尝试运行函数genic_diff(): myDiff
但我得到以下信息“ 如果(类(x)!=“vcfR”){ 停止(粘贴(“期望类 vcfR 的对象,而不是收到”,类(vcf)))”
我能做什么?
解决方法
大概你有一个 vcfR 文件。使用read.vcfR
命令将其读取为vcfR文件,即可成功运行generate_diff命令。使用 vcfR 示例文件 lumpy.vcf 的示例。
x=read.vcfR("filename.txt")
pop=as.factor(c("a","a","b"))
genetic_diff(x,pop,method="nei")
CHROM POS Hs_a Hs_b Ht n_a n_b Gst Htmax Gstmax Gprimest
1 chr1 93822813 0.5 0.0 0.4444444 4 2 0.25 0.6666667 0.5000000 0.5
2 chr12 71315481 0.5 NaN 0.5000000 4 0 NaN 0.5000000 NaN NaN
3 chr12 71315764 0.5 NaN 0.5000000 4 0 NaN 0.5000000 NaN NaN
4 chr12 71316537 0.5 NaN 0.5000000 4 0 NaN 0.5000000 NaN NaN
5 chr12 71316539 0.5 NaN 0.5000000 4 0 NaN 0.5000000 NaN NaN
6 chr13 33618456 0.5 0.5 0.5000000 2 2 0.00 0.7500000 0.3333333 0.0
7 chr15 70302685 0.5 NaN 0.5000000 4 0 NaN 0.5000000 NaN NaN
8 chr16 25192730 0.5 0.5 0.5000000 4 2 0.00 0.7222222 0.3076923 0.0
9 chr16 25192895 0.5 0.5 0.5000000 4 2 0.00 0.7222222 0.3076923 0.0
10 chr16 25193026 0.5 0.5 0.5000000 4 2 0.00 0.7222222 0.3076923 0.0
11 chr16 25193261 0.5 0.5 0.5000000 4 2 0.00 0.7222222 0.3076923 0.0