尝试将 S4 类对象保存为 R 中的二进制文件

问题描述

我正在尝试为一系列使用 S4 类格式的函数创建输入和输出记录

di_raw 调用我使用 Bioconductor 的 xcms 库创建的 S4 类对象

> di_raw
MSn experiment data ("OndiskMSnExp")
Object size in memory: 0.04 Mb
- - - Spectra data - - -
 MS level(s): 1 
 Number of spectra: 9 
 MSn retention times: -1:59 - -1:59 minutes
- - - Processing @R_439_4045@ion - - -
Data loaded [Fri Mar 12 15:32:58 2021] 
 MSnbase version: 2.15.7 
- - - Meta data  - - -
phenoData
  rowNames: 1 2 ... 9 (9 total)
  varLabels: filename sample_group
  varMetadata: labelDescription
Loaded from:
  [1] batch01_C01_rep01_22.mzML...  [9] batch01_S03_rep01_16.mzML
  Use 'fileNames(.)' to see all files.
protocolData: none
featureData
  featureNames: F1.S1 F2.S1 ... F9.S1 (9 total)
  fvarLabels: fileIdx spIdx ... spectrum (35 total)
  fvarMetadata: labelDescription
experimentData: use 'experimentData(object)'

我尝试以二进制格式导出 S4 对象，如下所示：

> save(di_raw,ascii=FALSE,file= paste0(dir,'annotate_data/direct_injection_raw.bin'))

但是，当我加载文件并调用它时，这就是我得到的：

> recall <- load(file= paste0(dir,'annotate_data/direct_injection_raw.bin'))
> recall
[1] "di_raw"

我需要告诉它什么才能保存对象而不仅仅是名称？

解决方法

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小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

r r s4 save