如何过滤R对象中的数据使其只显示某些物种?

问题描述

这是将我的 OTU 表、元数据、分类法和树作为一个对象导入 R 后当前使用的代码。我的问题在最后一行,我不断收到错误“dimnames(x)

physeq = phyloseq(OTU,TAX,Meta,phy_tree)
library(phyloseq)
tps  = transform_sample_counts(physeq,function(x) x / sum(x) )
ftps = filter_taxa(physeq,function(x) {sum(x >0)>1},TRUE)
psfirm = subset_taxa(physeq,Phylum==“Firmicutes”)

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法,小编努力寻找整理中!

如果你已经找到好的解决方法,欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@)