问题描述
我的数据集很奇怪。当我创建 Seurat 对象并为其加载元数据时，nCount_RNA 中的所有值都是十进制值而不是整数。我应该如何解释这个？数据本身是否有问题，或者我可以做些什么来解决这个问题？我问是因为稍后在我的分析中，函数似乎无法找到 nCount_RNA 对象，我相信十进制值是原因。
这是我用来创建这个对象的代码：
#Loading in the data ----------------------------------------------------------
filePaths = getGEOSuppFiles("GSE124395")
tarF <- list.files(path = "./GSE124395/",pattern = "*.tar",full.names = TRUE)
untar(tarF,exdir = "./GSE124395/")
gzipF <- list.files(path = "./GSE124395/",pattern = "*.gz",full.names = TRUE)
ldply(.data = gzipF,.fun = gunzip)
# Creating the matrix -----------------------------------------------------------
P301_3_matrix <- read.delim(file = './GSE124395//GSM3531672_P301_3_CRYOMIXED11.coutt.csv')
P301_3_matrix <- data.frame(P301_3_matrix[,-1],row.names=P301_3_matrix[,1])
P301_3_matrix <- as.matrix(P301_3_matrix) #<- makes the excel file into a matrix
P301_3_colname <- read.table(file = './GSE124395//GSE124395_celseq_barcodes.192.txt',header = FALSE,row.names = 1)
P301_3_colname <- data.frame(P301_3_colname[,col=P301_3_colname[,1])
P301_3_colname <- as.matrix(P301_3_colname)
colnames(P301_3_matrix) <- P301_3_colname[,1]
colnames(P301_3_matrix) <- paste(colnames(P301_3_matrix),"CryoMixed11",sep = "_")
P301_3_pdat <- data.frame("samples" = colnames(P301_3_matrix),"treatment" = "CryoMixed")
#Creating the Seurat object ----------------------------------------------------
sobj<- CreateSeuratObject(counts = P301_3_matrix,min.cells = 0,min.features=1,project = "Liver_Cell_Atlas")
sobj <- saveRDS(sobj,file="JoinedMatrixNoFilters.rds")
希望这不是太模糊，感谢阅读！
解决方法
你读入的文件，以某种方式进行了标准化，绝对不是计数数据：
P301_3_matrix = read.delim('GSM3531672_P301_3_CRYOMIXED11.coutt.csv.gz',row.names=1)
head(colSums(P301_3_matrix))
X1 X2 X3 X4 X5 X6
205.2744 22457.6142 1232.4626 14193.6406 15372.4642 18808.8838
如果您阅读 details on processing，它会写道：
基于二项式统计，观察到的 UMI 数量为 转换为转录本计数（Grün 等人，2014 年）
因此很可能您必须向作者询问计数表或简单地转换为整数，然后继续并希望不会出错。