S4 对象数据提取

编程问答 2022-05-19

问题描述

我不知道这是否可能。但我认为它应该是。由于我是新手，我将非常感谢任何帮助。

counts 是我从在线课程中获得的一个 S4 对象，我正在做微生物组分析。

enter code here> 

str(counts)
Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:10483] 4 12 18 19 23 36 44 64 76 77 ...
  ..@ p       : int [1:156] 0 59 144 229 289 368 416 462 552 625 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 201 155
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:201] "Methanobrevibacter_smithii" "Methanosphaera_stadtmanae" "Rothia_mucilaginosa" "Propionibacterium_freudenreichii" ...
  .. ..$ : chr [1:155] "PRISM.7122" "PRISM.7147" "PRISM.7150" "PRISM.7153" ...
  ..@ x       : num [1:10483] 0.0001 0.0099 0.0077 0.0005 0.3367 ...
  ..@ factors : list()

这是结构，您可以看到插槽的长度可变。我想要一个数据框，其中 Bacteria 名称作为我的行，在 counts@Dimnames[[1]] 下，counts@Dimnames[[2]] 作为我的列。并将 counts@x 中的值放入各自的位置 我可以看到我是否只是打印计数 看起来像这样。

Methanobrevibacter_smithii       .      .       .      .      . .      .      .       .      .     
Methanosphaera_stadtmanae        .      .       .      .      . .      .      .       .      .     
Rothia_mucilaginosa              .      9.4e-06 .      .      . .       5e-04 1.0e-04  1e-04 .     
Propionibacterium_freudenreichii .      .       0.0018 .      . .      .      .       .      .     
Bifidobacterium_adolescentis      1e-04 .       0.0403  1e-04 .  1e-04 .      .       .       1e-04

提前致谢！

解决方法

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