如何将 nift 文件夹转换为 png 图像？

问题描述

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有一个从 NumPy 和 imageio 导入的众所周知的库 将 NumPy 导入为 np 导入操作系统 将 nibabel 作为笔尖导入 导入图像 // 我编写代码将 nift 转换为 png 的方法
方法 将 nift(.nii) 图像转换为 png 图像 def nii_to_image(niifile): filenames = os.listdir(filepath) #读取 nii 文件夹 slice_trans = [] #filename是nii镜像的路径

  for f in filenames:
                          #Start reading nii files
                   img_path = os.path.join(filepath,f)
                   img = nib.load(img_path) #read nii
                   img_fdata = img.get_fdata()
                   fname = f.replace('.nii','') 
# Remove the nickname of nii
                   img_f_path = os.path.join(imgfile,fname)
                          #Create a folder corresponding to the image of nii
                   if not os.path.exists(img_f_path):
                     os.mkdir(img_f_path) #New folder
          
                          #  to image
                   (x,y,z) = img.shape
                   for i in range(z): #x is the sequence of images
                     silce = img_fdata[i,:,:] #Select which direction the slice can be
                     imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)),silce) #Save image
     #main function where fill path was gived
   

主要

 if __name__ == '__main__':
             filepath = '/content/drive/MyDrive/sem 8/dataset/pr' 
             imgfile = '/content/drive/MyDrive/sem 8/dataset/propi'
             nii_to_image(filepath)

解决方法

像您一样将 nifti 文件加载为 NumPy 数组后，在每个切片上运行（来自 img.shape 的 z），然后将数组保存为 png。

确保在每个切片上运行时只保存现有切片（z_slice_number）：

    slice = img_fdata[:,:,z_slice_numer]

要保存此切片，您可以按照以下操作（或 here 中的其他方式）：

    matplotlib.image.imsave('name.png',slice)