rpy2 中的 R maptools wrld_simpl

问题描述

在 R 中：

import(maptools)
data(wrld_simpl)

在python rpy2中，如何访问wrld_simpl？以下代码（在 Python 中）失败如下...package "maptools" has no attribute wrld_simpl

maptools = importr('maptools')
data = DataFrame(maptools.wrld_simpl)

只是想了解 rpy2（并从大学时代重新审视 R）

解决方法

使用 rpy2.robjects.packages.data，如 rpy2 introduction 中所示：

>>> from rpy2.robjects.packages import importr,data

>>> maptools = importr('maptools')
>>> spatial_df_r = data(maptools).fetch('wrld_simpl')['wrld_simpl']
>>> spatial_df_r
<rpy2.robjects.methods.RS4 object at 0x7ffa932b0cc0> [RTYPES.S4SXP]
R classes: ('SpatialPolygonsDataFrame',)

您似乎也在尝试将数据转换为 pandas.DataFrame。小问题是数据不是数据框，而是 SpatialPolygonsDataFrame 对象。但是，您可以将其转换为正确的 data.frame:

>>> base = importr('base')
>>> df_r = base.as_data_frame(spatial_df_r)
>>> tuple(df_r.rclass)
('data.frame',)

然后到pandas DataFrame：

from rpy2.robjects import conversion
from rpy2.robjects import default_converter,pandas2ri

with conversion.localconverter(default_converter + pandas2ri.converter):
    df = conversion.rpy2py(df_r)

其中 df 现在是一个 Pandas DataFrame：

>>> type(df)
<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>

但是，如果您使用的是 Jupyter，使用 rpy2 魔法的 -o 选项可以更轻松地完成转换，请参阅：using rpy2 in notebooks 和 rpy2.ipython.rmagic。