SRA 到 FASTQ 文件通过蟒蛇|网址错误

问题描述

更新：主题 FTP 服务器已停用：[讨论] (https://github.com/ewels/sra-explorer/issues/14)

还有别的选择吗？

我想通过 .sra 下载 .fastq 文件并将它们转换为 Python 文件。

在实现到 PyCharm 应用程序之前，我正在通过 Google Colaboratory 运行它。

import wget
import sys
import os
sra_id = "SRX10360832"
url = 'ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/' + sra_id[:3] + '/' + sra_id[:6] + '/' + sra_id + '/' + sra_id + '.sra'
print(url)
print("Downloading... please wait!!")
filename = wget.download(url) # !

if filename:
  print("\nDownload Complete "+ sra_id)
  print("\nConverting...")
  cmd = 'fastq-dump ' + sra_id + '.sra'
  os.system(cmd)

在线 filename = wget.download(url) 是我收到以下错误的地方：

error_perm: 550 sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRX/SRX103/SRX10360832: No such file or directory

During handling of the above exception,another exception occurred:
URLError: <urlopen error ftp error: error_perm('550 sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRX/SRX103/SRX10360832: No such file or directory')>

在 url 末尾包含 .gz 时发生同样的错误。

这是基于 Git repo 但使用旧版本的 Python

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这一点的重要性在于下载 .sra 文件。 ftp:// 并将它们转换为 .fastq 可读格式，无需 Linux。 Python 不处理原始 .sra 文件。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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