问题描述
tl;dr:distances
给了我路径长度,但在使用 simple_paths
时无法恢复这些路径中的节点。
我想在我的网络中找到给定长度的所有最短、简单的路径。我的网络可能比较大(1000 个节点,数万条边),由于 simple_paths
相对较慢而 distances
很快,我想我可以先计算 distances
作为过滤步骤。
也就是说,我目前的策略是
- 计算每对顶点之间所有简单路径的长度,即
dd = distances(my.net)
- 找到所需长度的路径,即
dd[dd == desired.length]
- 恢复现在相对较小的路径列表中的节点。
但是,我在第 3 步中失败了。也就是说,我无法恢复 distances
给出的路径。例如,在 distances
下面的代码中在节点 D 和 X 之间找到长度为 3 的路径。当我尝试使用 simple_paths
找出该路径实际是什么时,我什么也没得到。 我做错了什么?
require(dplyr)
require(tidyverse)
require(igraph)
set.seed(1)
# make network
fake.net = data.frame(A = sample(LETTERS,50,replace = T),B = sample(LETTERS,stringsAsFactors = F) %>%
dplyr::filter(!A==B) %>%
as.matrix() %>% graph_from_edgelist()
# find one path of length 3
dd = distances(fake.net)
ia = which(dd==3)[1]
v.from = V(fake.net)[ia %% ncol(dd)]
v.to = V(fake.net)[ceiling(ia / ncol(dd))]
# what is that path?
shortest_paths(fake.net,from = v.from,to = v.to)
$vpath
$vpath[[1]]
+ 0/26 vertices,named,from ffb91bb:
$epath
NULL
$predecessors
NULL
$inbound_edges
NULL
解决方法
我猜您需要在 arr.ind
中启用 which
,然后尝试如下代码(如果您的图是有向图,则应在 mode = "out"
中使用 distances
)
dd <- distances(fake.net,mode = "out")
idx <- which(dd == 3,arr.ind = TRUE)
all_simple_paths <- apply(
matrix(row.names(dd)[idx],ncol = 2),1,function(v) shortest_paths(fake.net,from = v[1],to = v[2])$vpath
)
你会得到
> head(all_simple_paths)
[[1]]
[[1]][[1]]
+ 4/26 vertices,named,from 84fcc54:
[1] G A Y D
[[2]]
[[2]][[1]]
+ 4/26 vertices,from 84fcc54:
[1] L A Y D
[[3]]
[[3]][[1]]
+ 4/26 vertices,from 84fcc54:
[1] G A F W
[[4]]
[[4]][[1]]
+ 4/26 vertices,from 84fcc54:
[1] U H I W
[[5]]
[[5]][[1]]
+ 4/26 vertices,from 84fcc54:
[1] O H I W
[[6]]
[[6]][[1]]
+ 4/26 vertices,from 84fcc54:
[1] L A F W