问题描述
我正在使用 Seurat 进行单细胞分析,并且有兴趣导出每个集群中所有细胞的数据。我尝试使用以下代码但没有成功。
我的 Seurat 对象名为 Patients
。我还附上了我的 Seurat 对象的屏幕截图。我希望提取所有集群(即 Ductal1
、Macrophage1
、Macrophage2
等...)
Meta.data.cluster <- unique(x = Patients@Meta.data$active.ident)
for(group in Meta.data.cluster) {
group.cells <- WhichCells(object = Patients,subset.name = "active.ident",accept.value = group)
data_to_write_out <- as.data.frame(x = as.matrix(x = Patients@raw.data[,group.cells]))
write.csv(x = data_to_write_out,row.names = TRUE,file = paste0(save_dir,"/",group,"_cluster_outfile.csv"))
}
我是 R 和编码的新手,因此非常感谢任何帮助! :)
解决方法
它不起作用,因为您的元数据下没有 active.ident
列。例如,如果我们使用像您这样的示例数据集并设置标识:
library(Seurat)
M = matrix(rnbinom(5000,mu=20,size=1),ncol=50)
colnames(M) = paste0("P",1:50)
rownames(M) = paste0("gene",1:100)
Patients = CreateSeuratObject(M)
Patients$grp = sample(c("Ductal1","Macrophage1","Macrophage2"),50,replace=TRUE)
Idents(Patients) = Patients$grp
你可以看到这行代码没有给你任何价值:
meta.data.cluster <- unique(x = Patients@meta.data$active.ident)
meta.data.cluster
NULL
你可以这样做:
meta.data.cluster <- unique(Idents(Patients))
for(group in meta.data.cluster) {
group.cells <- WhichCells(object = Patients,idents = group)
data_to_write_out <- as.data.frame(GetAssayData(Patients,slot = 'counts')[,group.cells])
write.csv(data_to_write_out,row.names = TRUE,file = paste0(save_dir,"/",group,"_cluster_outfile.csv"))
}
请注意,您还可以使用 GetAssayData
获取计数。您可以对一组进行子集化并像这样写出:
wh <- which(Idents(Patients) =="Macrophage1" )
da = as.data.frame(GetAssayData(Patients,wh])
write.csv(da,...)