是否有 R 函数将点放入树状图中？

编程问答 2022-05-17

问题描述

我必须在与聚结理论（与遗传学有关）相关的 R algorithm 中执行此算法。问题是，当我遇到突变事件时，我必须指出一个点以获得类似于此 dendrogram 的树状图，但我不知道如何在树状图中添加这些点。当只有合并事件时，我做了另一种算法，但我附上了让你知道我想用这个算法做什么的想法。 （问题只是在特定坐标处添加点）。

##Algorithm 1

n=10

# Compute distances and hierarchical clustering
dd <- dist(scale(seq(1:n)),method = "euclidean")
hc <- hclust(dd,method = "ward.D2")
hc$labels=c(1:n)
hc$order=c(1:n)

x=c(-n:-1)
i=1
T_k=0

while(length(x)>1){
  lambda=choose(length(x),2)
  T_k=rexp(1,rate=lambda)+T_k
  hc$height[i]=T_k
  c=sample(x,2,replace=F)
  x=setdiff(x,c)
  x=append(x,i,after=0)
  hc$merge[i,1]=c[1]
  hc$merge[i,2]=c[2]
  i=i+1

}


hcd <- as.dendrogram(hc)
# Default plot
plot(hcd,type = "rectangle",ylab = "Height",main="Gene tree")

非常感谢！

解决方法

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