如何从 Seurat 对象的元数据中提取数据

编程问答 2022-05-17

问题描述

我一直在尝试制作一个函数来查看每个簇中基因表达的比率。我可以通过将数据集表示到数据框中然后分析数据集的子集来做到这一点。但是，我想直接从数据集本身（胶质母细胞瘤）中获取该信息，而不是制作该数据集的子集。我的意思是，在创建名为“胶质母细胞瘤”的 Seurat 对象然后使用诸如 FindAllMarkers 之类的函数来查找标记基因和聚类后，我得到了元数据（存储在“胶质母细胞瘤”中的数据）。我使用函数 str(glioblastoma) 查看存储的数据，如下所示。是否有可能（我确定是，但我不知道如何开始）从该 str（胶质母细胞瘤）中找到每个簇中每个标记基因表达的比率？请检查此

str(glioblastoma)

str(glioblastoma)

str(glioblastoma)

srt(glioblastoma)

str(glioblastoma)

这是我一直在尝试制作的功能

ratio = function(data,marker_in,cluster_in){
data %>%
filter(gene == marker_in & cluster == cluster_in) %>%
.[["as.data.frame(Matrix::rowSums(as.data.frame(glioblastoma@assays$RNA@counts)))"]]/Matrix::colSums(as.data.frame(Matrix::rowSums(as.data.frame(data@assays$RNA@counts))))}
ratio(glioblastoma,"PLIN2",0)

我知道我的过滤器(gene == marker_in & cluster == cluster_in) 是错误的，但我不知道如何修复它。

有人可以帮忙吗？我是使用 Seurat 对象参数的函数的新手。谢谢。

解决方法

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