问题描述
我使用 phyloseq 对象(称为“ps_rel_abund”)中的 ggplot2 创建了一个条形图,使用以下代码:
plot_bar(ps_rel_abund,x="Spec",fill="ITStype") + stat_summary(fun.y = "sum",geom = "bar")
+ labs(x = "Coral species",y = "Relative Abundance\n") + geom_bar(position="stack",stat="identity")
+ scale_fill_discrete(name = "ITS type") + theme_bw()
+ theme(panel.border = element_blank(),panel.grid.major =
element_blank(),panel.grid.minor = element_blank(),axis.line =
element_line(colour = "black"))
生成的条形图有不需要的条纹,在每个条形中看起来几乎像颜色渐变(见下文):
我使用了“stat_summary”并按照其他帖子的建议从“geom_bar”中删除了黑线,这大大改善了图形,但奇怪的颜色条纹仍然存在。使用以下代码将条形图转换为饼图时,这些线条更加明显:
plot_bar(ps_Mo,x="Loc",geom = "bar")
+ labs(x = "Locations",stat="identity")
+ scale_fill_discrete(name = "ITS type") + coord_polar("y",start = 0)
+ theme_void()
饼图如下所示(见下文):
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解决方法
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