GWAS 夏季 r2 分数

问题描述

我正在尝试使用 r 包“sommer”中的 GWAS 函数获取 GWAS 中每个标记的 r2 值。从文档中我看到它们应该在对象 mix1$scores 中：分数一个数据框，包含与所分析的标记一样多的列和 5 行，其中包含以下内容：beta：标记效果。分数：特征的标记分数 (-log_10p)。Fstat：与测试相关的 F 统计量。R2：每个标记的 R2 值。 R2s：缩放的每个标记的 R2 值

但是，在我的模型中，只列出了标记分数。

示例：

 library(sommer)
    data(DT_cpdata)
    DT <- DT_cpdata
    MP <- MP_cpdata
     #### create the variance-covariance matrix 
    A <- A.mat(GT) # additive relationship matrix# 
    #### look at the data and fit the model
    head(DT)
    mix1 <- GWAS(color~1,random=~vs(id,Gu=A)
                + Rowf + Colf,rcov=~units,data=DT,M=GT,gTerm = "u:id") 
    mix1$scores

解决方法

从 4.1.2 开始，GWAS 函数被重构为使用 C++ 代码，并且从输出中删除了一些额外的指标，如 r2。这些额外的指标将在 4.1.3 中恢复。同时，您可以随时返回到 4.1.1 或更早版本以获取该指标。

干杯，爱德华多

gwas r r