问题描述
我有来自体外 SELEX 实验的 FASTA 文件。理论上，所有读取都应以相同的 6 个碱基（核心序列：GCTGCT）开始，并且长度相同 - 27nt。实际上，一些读取甚至在核心序列的 10 个碱基后开始，并继续使用其余的 21 个 nt。我想用核心序列提取序列，而不管读取核心序列的位置。开始，然后将读数裁剪为 27nt。
示例（粗体区域是我要提取的区域：
read1 GCTTGCTTTTTCGCTTTCCTTGCGGCCAAAA
read2 GACGTGTGCTGCTGCTAATTTGCTTTCCTTGTCCATGAA
这里read1从核心序列开始，需要裁剪到27。这部分很容易做。问题出在 read2 中，其中核心序列开始较晚，我无法直接将其裁剪为 27nt，而是在核心序列开始后将其裁剪为 27nt。我希望输出采用 FASTA 格式。
有谁知道可以做到这一点的工具或有其他建议吗？
解决方法
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