在 ggcyto 图上设置 x 限制似乎没有用

问题描述

我正在尝试在 ggcyto(ggplot2) 图上设置 x 限制，但它似乎不起作用。我设置的 x 限制一直向右压缩，并且有很多空白空间。不知道还有什么可以尝试的。我尝试设置 biexp 比例，但它看起来一样。

library(ggcyto)
library(ggplot2)
library(flowCore)

fs <- read.flowSet(fcs_files,path=(dir_path))


ggcyto(fs[[2]],aes(x = "FSC-A",y = "SSC-A")  
              ) + 
  geom_hex(bins = 26) +
  xlab("") +
  ylab("") +
  theme(
    strip.text = element_text(size = 5),) +
  scale_x_continuous(breaks = c(0,18000),labels = function(x) formatC(x,format="e",digits =1),limits=c(0,20000))) #+
  #scale_x_flowjo_biexp(maxValue = 20000,widthBasis = -10)

添加 limits=c(0,20000) 给了我这个警告：Warning message: Removed 14 rows containing non-finite values (stat_binhex).

解决方法

没有您的数据，因此无法重现奇怪的轴。我会检查您的数据是否为负值。此外，ggcyto 包装器对您的限制有一些限制。

使用下面的示例数据，我将第一列“FSC”上的 2 个值设置为 -999，但出现类似错误：

library(ggcyto)
data(GvHD)
da = GvHD[[1]]
exprs(da)[1:2,1] = -999 
    
ggcyto(da,aes(x = `FSC-H`,y =  `SSC-H`)) +
geom_hex(bins = 50) +
scale_x_continuous(breaks =c(0,800),limits = c(0,2000))

和错误：

警告消息：删除了包含非有限值的 2 行 (stat_binhex)。

如果我删除带有负值的条目并使用 ggplot2 而不是 ggcyto，它会起作用

da = da[rowMeans(exprs(da[,1:2])>0) == 1,]

ggplot(da,y =  `SSC-H`)) + 
geom_hex(bins=50) + 
scale_x_continuous(breaks =c(0,limits=c(0,1200))+
scale_fill_distiller(palette = "Spectral")

在您的示例中，您可以尝试以下操作：

da = fs[[2]]
da = da[rowMeans(exprs(da[,c("FSC-A","SSC-A")])>0) == 1,aes(x = `FSC-A`,y = `SSC-A`)) + 
geom_hex(bins = 26) +
scale_x_continuous(breaks = c(0,18000),20000)))

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