读取 LSR 文件以获取原始数据 (R)

编程问答 2022-05-17

问题描述

我正在尝试从 Array Express (E-GEOD-32992) 读取数据集。我发现原始数据在一种与 CEL 不同的文件类型中的问题（我知道要处理的唯一一个）

SDRF$Array.Data.File
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 [1] "GSM817257_12_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR" "GSM817257_12_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR"
 [3] "GSM817257_12_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR" "GSM817257_12_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR"
 [5] "GSM817256_6_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817256_6_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
 [7] "GSM817256_6_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817256_6_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
 [9] "GSM817255_4_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817255_4_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
[11] "GSM817255_4_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817255_4_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
[13] "GSM817254_2_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817254_2_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
[15] "GSM817254_2_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817254_2_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR"

有人知道R中是否有类似的命令：

read.celfiles(files,phenodata=SDRF)

但是为了从这些 LSR 文件中提取原始数据？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

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