RTSTRUCT 和 RTDOSE 文件的尺寸不匹配Python

编程问答 2022-05-17

问题描述

我在一个生物医学项目中为同一患者提供 3 种输入：RTDOSE 文件 (RD)、RTSTRUCT 文件 (RS) 和 CT。所有这些文件都应该协同工作，而且我确实可以在 Slicer 上以 3D 形式正确地将它们可视化。

但是，我必须使用 Python 来完成这个项目，所以我编写了以下 Python 脚本：

import pydicom
from dcmrtstruct2nii import dcmrtstruct2nii
import nibabel as nib 

list_ct_names = []

for r,d,f in os.walk(DATADIR):
    for file in f:
        if "RD." in file:
            RD_NAME = os.path.join(r,file)
            RD = pydicom.dcmread(RD_NAME)
            print("Shape RD =",RD.pixel_array.shape)

for r,f in os.walk(DATADIR):
    for file in f:
        if "RS." in file:
            RS_NAME = os.path.join(r,file)
            dcmrtstruct2nii(RS_NAME,r,r)
            NII_RS = nib.load(os.path.join(r+"image.nii.gz")).get_fdata()
            print("Shape RS = ",NII_RS.shape)

LoadOneCT = True
for r,f in os.walk(DATADIR):
    for file in f:
        if "CT." in file:
            if LoadOneCT:
                print("CT shape = ",pydicom.dcmread(os.path.join(r,file)).pixel_array.shape)
                LoadOneCT = False
            list_ct_names.append(os.path.join(r,file))

print("Number of CT's = ",len(list_ct_names))

我获得的输出如下：

Shape RD = (71,74,71)
Shape RS =  (512,512,80)
CT shape =  (512,512)
Number of CT's =  80

因此我的问题是： 我如何才能获得相同尺寸的 RD 和 RS 输入？

非常感谢您的帮助。

解决方法

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