在绘制 glmertree 对象时未应用 terminal

问题描述

我安装了一个 glmtertree 模型，并且喜欢应用修改后的 node_barplot 函数 my_node_barplot 进行绘图。但是，函数 my_node_barpolot 似乎没有传递给 plot.constparty 函数，导致使用 node_barplot 包附带的 partykit 函数。

来自包 glmertree 小插图的可重现示例：

library("glmertree")
data("MHserviceDemo",package = "glmertree")
MHserviceDemo$outcome_bin <- factor(MHserviceDemo$outcome > 0)
MH_gtree <- glmertree(outcome_bin ~ 1 | cluster_id | age + gender +
                      emotional + autism + impact + conduct,data = MHserviceDemo,family = "binomial")
plot(MH_gtree,which = "tree")
plot(MH_gtree,which = "tree",terminal_panel = my_node_barplot)

显示相同的图。 my_panel_barplot 是来自 GitHub 的 panel_barplot 的略微修改版本，我更改了构建 mainlab 变量的行以打印更多信息::

## ... skipped
function(id,nobs) sprintf("Node %s (n = %s)",id,nobs)
## rest skipped ...

到

## ... skipped
function(id,nobs,resp) {
      frq <- table(resp)
      perc <- round(frq[1]/sum(frq)*100,1)
      sprintf("Node %s (n = %s)\n: %s%% (%s/%s)",perc,frq[1],sum(frq))
} else {
   function(id,resp) sprintf("n = %s",nobs)
   }
}
if (is.function(mainlab)) {
      mainlab <- mainlab(names(obj)[nid],nobs[nid],y)
} 
## skipped ...

该功能有很多行，但有帮助时我可以发布或分享。

解决方法

您是对的，在此特定设置中忽略了 terminal_panel 参数。原因是 plot() 对象的 glmertree 方法主要侧重于显示具有真实回归量（例如，处理变量）的树作为 GLMM 规范的一部分。相比之下，仅拦截回归器的情况（如您的示例中所示）被传递给 glmtree，它使用强制转换 constparty 并为此应用默认值。如果您接受默认值，但要传递参数，我们必须复制 partykit 中 glmertree 中的某些代码，此解决方案非常方便。我将与主要作者 Marjolein 讨论这是否值得付出努力。

针对您的具体情况的解决方法是对自己进行强制 constparty。随后，您可以使用所有标准策略来扩展该图，例如，

MH_ctree <- as.constparty(MH_gtree)
plot(MH_ctree,terminal_panel = my_node_barplot)

请注意，我删除了 mainlab 中的换行符，它仍然适用于这个特定的情节。对于具有更多终端节点的图，您可能需要换行。然后您还需要增加 mainlab 的行数。

最后，您还可以在树的外部组合 node_barplot，然后通过 mainlab 参数插入它，而不是通过 mainlab 的内部结构。有关有效示例，请参阅此帖子：

partykit: Displaying terminal node percentile values above terminal node boxplots

party r r

在绘制 glmertree 对象时未应用 terminal_panel 函数

问题描述

解决方法