无法使用 terra 包将压缩的 geotiff 写入磁盘

编程问答 2022-05-17

问题描述

我正在尝试从 Robert Hijmans 的光栅包切换到更新更快的 terra 包，以便在 r 中进行光栅计算。在这样做时，我想出了一个我无法解决的可笑的简单问题。无论我做什么，我都无法使用新的 writeraster 函数将 geotiff 写入压缩文件。

这是一个可复制的示例： 让我们从头开始制作 2 个栅格：

  1. 具有连续值的大型栅格

    图书馆（土地）

    r

    值(r)

  2. 具有单个值的大栅格

    r2

    值(r2)

无论我是否在新的 writeraster 函数中指定压缩选项，输出文件都会导致两个栅格的大小完全相同。表示没有应用压缩。

writeraster(r2,"D:/simple_raster_test_no_comp_lzw.tif",overwrite=T) #complex raster no compression
writeraster(r2,"D:/simple_raster_test_comp_lzw.tif",overwrite=T,gdal=c("COMPRESS=LZW"))
writeraster(r,"D:/test_comp_lzw.tif",overwrite=T) #simple raster no compression
writeraster(r,"D:/test_comp_lzw2.tif",gdal=c("COMPRESS=LZW"))

file.size("D:/simple_raster_test_no_comp_lzw.tif")
file.size("D:/simple_raster_test_comp_lzw.tif")
file.size("D:/test_comp_lzw.tif")
file.size("D:/test_comp_lzw2.tif")

我意识到只是没有考虑 gdal 压缩参数，因为我可以将 LZW 字符串替换为任何值，并且仍然可以获得未经压缩且没有错误的光栅输出。

writeraster(r,"D:/test_comp_lzw3.tif",gdal=c("COMPRESS=IAmSuperman"))
file.size("D:/test_comp_lzw3.tif")

最后，尝试使用较旧的栅格包语法进行保存会产生相同的未压缩结果

writeraster(r,"D:/test_comp_lzw4.tif",compress="lzw")
file.size("D:/test_comp_lzw4.tif")

知道如何克服这个问题吗？我使用相当大的 geotifs 并且没有压缩，我很快就会像香肠一样塞满我的硬盘......

解决方法

如果您在包中发现错误，那么报告它的最佳位置是 github 等（terra 包的 here。

写完答案才看到你的评论；所以为了后代，下面我将展示压缩的工作原理；至少在 CRAN 上的当前版本和开发版本中。

library(terra)
#terra version 1.1.4

r <- rast(ncol=1000,nrow=1000,xmin=0,xmax=10,ymin=0,ymax=10)
values(r) <- sqrt(1:ncell(r))

ff <- replicate(4,paste0(tempfile(),".tif"))

writeRaster(r,ff[1],overwrite=T) #complex raster no compression
writeRaster(r,ff[2],gdal=c("COMPRESS=LZW"))
writeRaster(r>100,ff[3]) #simple raster no compression
writeRaster(r>100,ff[4],gdal=c("COMPRESS=LZW"))

sapply(ff,file.size,USE.NAMES=FALSE)
#[1] 4003716 2886677 4003712  146519
rrr-rasterrasterterra