这个网络交互数据结构如何用于ggraph中的网络可视化？

编程问答 2022-05-16

问题描述

我想使用以下数据通过ggraph R包生成无向网络可视化，但不知道如何整理/重塑数据为可以使用的格式。

这是一些示例输出数据，类似于我在真实数据上使用的蛋白质序列聚类算法的输出。数据结构不是一个整洁的结构。

# Preparing example data
cluster_id <- c(1,2,3,4)
cluster_membersA <- c("CAISGGGELFF","CASSLGDEQYF","CASsllGEQFF","CASSMGYEQYF")
cluster_membersB <- c("CASSAGGELFF","CAWSLGVEQYF","CASsllGEQYF","")
cluster_membersC <- c("CSASGGGEQYF","CASSLGWEAFF","","")
cluster_membersD <- c("CASSGGGEQFF","")

cluster_data <- data.frame(cluster_id,cluster_membersA,cluster_membersB,cluster_membersC,cluster_membersD)

write.table(cluster_data,quote = FALSE,sep = " ",col.names = FALSE,row.names = FALSE)

这是数据的样子：

1 CAISGGGELFF CASSAGGELFF CSASGGGEQYF CASSGGGEQFF
2 CASSLGDEQYF CAWSLGVEQYF CASSLGWEAFF 
3 CASsllGEQFF CASsllGEQYF  
4 CASSMGYEQYF

网络可视化应该产生 4 个离散的集群，其中由文本字符串表示的节点相互连接。第 4 个集群中的节点只会连接到它自己。

我从ggraph文档中读到我应该使用as_tbl_graph()函数来制作一个整洁格式的网络对象，但是我一直无法成功使用这个函数从这种数据格式中制作整洁的图形对象.

解决方法

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