从 Python 开始 - 字符串列表的汉明距离

问题描述

我是 Python 新手，我正在尝试获取一对 DNA 序列之间的汉明距离。虽然我能够做到这一点，但我真的不知道如何获得超过一对 DNA 序列的汉明距离列表。我想知道是否有人可以指导我。

dna1 = 'ACCTAT'
dna2 = 'CATTGA'

def distance(strand_a,strand_b):
    if len(strand_a) == len(strand_b):
        i = 0
        n = 0
        while i < len(strand_a):
            if strand_a[i] != strand_b[i]:
                i += 1
                n += 1
            else:
                i += 1
        return(n)
    else:
        raise ValueError("The strings are not the same length")

输出：

The distance is: 5

我想知道是否有人可以帮助我知道获取三对 DNA 序列之间的汉明距离列表的最佳方法（我尝试通过更改上面的代码自己来做到这一点，但我还没有能够找到解决方案）。

给定这两个列表，我想得到第 1、2 和 3 对 DNA 序列之间的汉明距离：

dna1 = ['ACTGG','ATGCA','AACTG']
dna2 = ['ACTGA','ATGGG','ATGAC']

输出的位置：

distances = [1,2,4]

谢谢大家的帮助！

解决方法

你可以试试：

import numpy as np

dna1 = ['ACTGG','ATGCA','AACTG']
dna2 = ['ACTGA','ATGGG','ATGAC']

[(np.array(list(x)) != np.array(list(y))).sum() for x,y in zip(dna1,dna2)]

它给出：

[1,2,4]