程序在完成时在 VM 上崩溃

问题描述

我在具有 8 个 cpu 的谷歌 VM 上运行 samtools。似乎当该过程完成时，程序崩溃并出现以下错误。同时桶有问题，说明这个。有任何想法吗？保存文件时出现问题？

错误：

username@instance-1:~/my_bucket$ /usr/local/bin/bin/samtools view -@20  -O sam -f 4 file_dedup.realign
ed.cram > file.unmapped.sam
samtools view: error closing standard output: -1

在存储桶目录中绑定 ls 时也会出现这种情况：

ls: cannot open directory '.': Transport endpoint is not connected

解决方法

正如我们在评论部分发现的，此问题与 difference between a FUSE and a POSIX file systems 相关。

您可以通过两种方式解决此问题：

1. 增加虚拟机实例的磁盘空间（按照文档 Resize the disk 和 Resize the file system and partitions）并停止使用通过 FUSE 挂载的 Google Cloud Storage Bucket。
2. 首先将从 samtools 收到的数据保存到 VM 的磁盘，然后将它们移动到通过 FUSE 挂载的 Google Cloud Storage Bucket。

您可以使用 Google Cloud Pricing Calculator 估算每个场景的成本。

请记住，永久性磁盘有 restrictions，其中包括：

• 每个永久性磁盘的大小最高可达 64 TB，因此无需管理磁盘阵列来创建大型逻辑卷。
• 大多数实例最多可以连接 128 个永久性磁盘和高达 257 TB 的总永久性磁盘空间。总永久性磁盘空间 对于实例，包括启动永久磁盘的大小。

另外，请看Quotas & limits for Google Cloud Storage。