生物信息学：了解 ViennaRNA RNAdistance 评分表

编程问答 2022-05-16

问题描述

我正在尝试比较 2 种不同的 RNA 结构预测算法的输出 （我对 Nussinov 与 RNA-mfold 算法的实现）使用 RNAdistance 包中的 ViennaRNA 算法。

我在 Nussinov 预测和实际 NMR 结构之间的距离得分为 38，在 m-fold 算法和 NMR 结构之间的得分为 14，我正在尝试了解这是否有很大差异。

为了做到这一点，我必须查看 RNAdistance 使用的评分表，并在 source code 中找到以下 score table：

RIVATE CostMatrix  UsualCost =
{

/*    Null,U,P,H,B,I,M,S,E,R     */

   {        0,1,2,disT_INF},/* Null replaced */
   {        1,disT_INF,/* U    replaced */
   {        2,/* P    replaced */
   {        2,/* H    replaced */
   {        2,/* B    replaced */
   {        2,/* I    replaced */
   {        2,/* M    replaced */
   {        1,/* S    replaced */
   {        1,/* E    replaced */
   { disT_INF,0},/* R    replaced */

};

我也找到了enter link description here以下解释，但我不明白表格字母的含义是什么：U、P、H、B、I、MS、E、R？

例如[H,B] = 2的分数是什么意思？

如果有人能解释这张表，这对我的项目会有很大帮助，谢谢！

解决方法

好的，答案是正确的here，我错过了，把它贴出来以防其他人将来犯和我一样的错误。

U = unpaired
P = paired
H = hairpin
B = bulge
I = internal loop
M = multiloop
S = stem (or stack)
E = external loop
alignmentbioinformaticsbiopythonedit-distancetext-alignment