按簇将 Seurat 数据导出到 CSV 文件并提取特定簇

问题描述

我正在尝试按单元集群从 Seurat 导出我的数据。到目前为止，以下代码有效，但它将每个集群导出到一个单独的 .csv 文件中，我需要将它们全部放在 1 个 csv 文件中。此外，总共有 11 个簇，但我只想提取其中的 5 个簇（即 Ductal1、Ductal2、Macrophage1、Macrophage2、Macrophage3），所以我也不确定如何做！

“Patients”是我的Seurat对象供参考！

 #Exporting as Counts File

Meta.data.cluster <- unique(Idents(Patients))

for(group in Meta.data.cluster) {
  group.cells <- WhichCells(object = Patients,idents= group)
  data_to_write_out <- as.data.frame(GetAssayData(Patients,slot = 'counts')[,group.cell])
  write.table(data_to_write_out,row.names=TRUE,col.names=TRUE,file = paste0(group,"_cluster_countfile.txt"),sep='\t',quote=F)
}

另外，这是我的Seurat Object的截图

我是编码新手，因此不胜感激！

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

export-to-csv r r seurat