有没有办法找到在拒绝算法中选择了哪些 ABC 模拟?

问题描述

我正在使用两个单独的 R 包(EasyABC 和 abc)进行 ABC 拒绝算法。模拟是在一个完全独立于 R 的程序(SPLATCHE3)上绘制的,其代码如下:

abc_sim = ABC_rejection(model = binary_model('/directory/template/run_sim.sh'),prior = prior,nb_simul = 250,summary_stat_target = sum_stat_obs,tol = 0.2)

rej = abc(target = sum_stat_obs,abc_sim$param,abc_sim$stats,tol = 0.2,method = "rejection")

其中 sum_stat_obs 等于三个整数的列表,prior 是 0 到 500 之间的均匀分布。这些模拟运行良好 - 但我真的不知道如何处理输出

需要注意的是,这是一个玩具模型,我正在使用它为更大的模型做准备。

当我在控制台中输入 rej 时,我得到:

Total number of simulations 50 

Number of accepted simulations:  10 

我真的很想知道这些模拟中的哪 10 个是可以接受的,所以我知道“可接受”模拟的哪些后验参数。

我还希望能够绘制 rej$dist(欧几里德距离),可接受的模拟与不可接受的颜色不同,以查看它们是否聚类。

如果有任何帮助,我将不胜感激!

解决方法

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