从 R 中 pheatmap 中未选择的行名中删除 NA

问题描述

我有一组我想绘制的选定基因组，我已将其重命名。但是在绘制它们时，我也会得到未选中的 NA。 我怎样才能删除只绘制我选择的基因的 NAs？

library(pheatmap)
set.seed(2020)
    mat = matrix(rnorm(200),20,10)
    rownames(mat) = paste0("g",1:20)
    rownames(mat)[rownames(mat) == "g2"] <- "abc"
    rownames(mat)[rownames(mat) == "g4"] <- "pqr"
    rownames(mat)[rownames(mat) == "g6"] <- "zzz"
    selected_genes <- c("abc","pqr","zzz")
    obj = pheatmap(mat,cluster_rows = T,scale = 'row',show_rownames = T,labels_row = selected_genes)

我已经看到您还可以执行以下操作：

labRow <- c(row.names(mat)[1],rep('',length(row.names(mat))-2)) # Selected row2 as example
pheatmap(mat,labels_row = labRow) 

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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