问题描述
所以我有两棵树：一棵是植物物种的系统发育树，一棵是根据植物物种的营养成分对植物物种进行聚类的树。我正在尝试使用 R 包 cophyloplot 链接两棵树中的相应提示。
此外，为了使该图形在视觉上更直观，我想通过对将物种连接在一起的线条进行颜色编码来分解物种。问题是营养树比进化树有更多的提示，因为一些相同物种的植物可以解释不同的食物（例如，西兰花和芥末是具有不同营养特征的不同食物，但属于芸苔属植物的同一物种） .
所以，在进化树中，我有一个叫做芸苔的尖端，它映射到营养树中的几个尖端。 cophyloplot 让您可以很好地重叠尖端，因此我仍然可以显示从一棵树上的一个尖端到另一棵树上的多个尖端的多个连接。但是，当我尝试对其进行颜色编码时，它不起作用（如下所示的代表性理想输出）。
我正在关注这个例子：Coloured lines for tangelgram - package ape function cophyloplot 并让它与一组不同的树一起工作（尽管它们有相同的提示）。我想知道是否有人对我如何继续有任何见解。我尝试从包 dendexend 中查看 tanglegram 函数，但这仅适用于具有相同提示的树。任何帮助表示赞赏！谢谢！
解决方法
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