同时在 for 循环中使用 basename 和绝对路径

问题描述

假设我有

for i in `ls -1 /home/samples/*_1.fq.gz | sed 's/_1.fq.gz//'`
do
bbduk.sh -Xmx1g in1=$i\_1.fq.gz in2=$i\_2.fq.gz out1=/home/output/BASENAME\_clean_1.fq.gz out2=/home/output/BASENAME\_clean_2.fq.gz ref=/home/bbduk/bbmap/resources/adapters.fa ktrim=r k=23 mink=11 hdist=1 tpe tbo qtrim=r trimq=10 maq=10 
done

我正在尝试这样做，输入（in1 和 in2）是绝对路径，它对当前代码进行处理，但输出（out1 和 out2）必须是 i 的基本名称

这是因为我需要程序将“basename_clean_1.fq.gz”和“basename_clean_2.fq.gz”输出到与文件来源不同的目录

有什么想法吗？

解决方法

使用参数扩展来操作名称。 ${i%_1.fq.gz} 将删除 $i 的后缀，${i##*/} 为您提供基本名称。例如：

for i in /home/samples/*_1.fq.gz; do   
    s="${i%_1.fq.gz}"
    echo basename: "${s##*/}"
    echo fullpath: "$s"
done