传递了一个不是字符串的文件名！ (RMarkdown)

问题描述

我正在直接从网站 [此处][1] 访问 ncdf 文件到我的 RMarkdown。 当我尝试使用 nc_open 函数读取文件时，如下面的代码所示，出现错误“传递的文件名不是字符串！” 知道我该如何解决这个问题吗？ ps：我什至尝试使用 gzcon 函数解压缩文件，但是当我尝试读取数据时结果是一样的。 谢谢你的帮助！ 卡米

library(httr)
library(ncdf4)
nc<-GET("https://crudata.uea.ac.uk/cru/data/hrg/cru_ts_4.05/cruts.2103051243.v4.05/pre/cru_ts4.05.2011.2020.pre.dat.nc.gz")
cru_nc<-nc_open(nc)

解决方法

这是 mode="w" 还是 mode="wb" 的问题。我以前用过这个文件。无ncdf4经验。

不确定是否可以通过 mode="wb" 来获取但可以

file.download(yourUrl,mode="wb")

工作/帮助

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编辑：

啊。另一件事是您将对象存储为对象 (nc)，但 nc_open 想要打开一个文件。

我认为您需要将对象保存在本地（除非 nc_open 可以直接获取 URL）然后打开它？可能是解压后。

,

好的，这里是填充答案：

library(httr)
library(ncdf4)
library(R.utils)
url <- "https://crudata.uea.ac.uk/cru/data/hrg/cru_ts_4.05/cruts.2103051243.v4.05/pre/cru_ts4.05.2011.2020.pre.dat.nc.gz"
filename <- "/tmp/file.nc.gz"

# Download the file and store it as a temp file
download.file(url,filename,mode = "wb")

# Unzip the temp file
gunzip(filename)

# The unzipped filename drops the .gz
unzip_filename <- "/tmp/file.nc"

# You can now open the unzipped file with its **filename** rather than the object
cru_nc<-nc_open(unzip_filename)