问题描述
我正在关注 R 中的群体遗传学教程：population genomics: AMOVA。 在 AMOVA 测试之后，我想通过使用 ade4 包中的函数 randtest() 执行随机化测试来查看人群是否有显着差异。
当我尝试此操作时，收到以下消息：“R 会话中止。R 遇到致命错误。” screenshot message
#packages
library("apex")
library("adegenet")
library("pegas")
library("mmod")
library("poppr")
# Create genind object --> not shown here
# Perform AMOVA
Amova1 <- poppr.amova(seqData.gid,~populations,method="ade4")
amova1Signif <- randtest(Amova1,nrepet=100)
然后我收到了消息。我尝试将重复次数降低到 5 次，但没有帮助。
感谢您的帮助。
更新：我通过使用 pegas 包中的 AMOVA 函数规避了这个问题，您可以在其中立即包含一个置换测试。这有效，但我仍然想知道当我按照“ade4-method”进行操作时出了什么问题。
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！
如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。
小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）