问题描述
我想在 R 中使用 lmer 运行带有嵌套因子（完全嵌套设计）的线性混合效应模型。但这有点令人困惑，或者我对嵌套因子本身的概念有疑问。
实验设计：
我们在 12 个地块中采集土壤样本以确定氮含量：6 个是对照地块，其余 6 个是处理地。在每个地块中，我们在两个不同深度采集了 10 个样本，即每个地块 20 个样本（总共 240 个样本）。 我想估计处理和深度对土壤氮含量的影响，我对嵌套设计的理解是：处理嵌套在地平线中，地平线嵌套在地块中，对吗？
我试图把它放在语法中：
raw.data <- within(raw.data,sample <- factor(Plot:Treatment))
lmer-model<- lmer(nitrogen ~ Treatment + Horizon + (1|Plot),data = raw.data,REML=FALSE)
我对全嵌套设计的理解是否正确？
解决方法
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