问题描述
我正在应用 PLS-DA 模型来评估对照患者和首发精神病 (PEP) 患者之间的蛋白质组学差异。通常，我使用 ropls 包。根据其他研究人员的建议，我也尝试了 MetaboAnalyst 应用程序。 然而，这两种方法在 VIP 值方面存在重大差异：ropls 方法给出单个 VIP 向量（每个 X 变量有 1 个 VIP 值），而 Metaboanalyst 为每个 PLS 组件提供一个 VIP 向量。 在我的理解中，VIP 值是为每个 X 变量定义的，作为其 PLS 权重值的潜在变量 (LV) 总和，由每个特定 LV 的解释 Y 方差 (SSY) 的百分比加权。 那样的话，有人能说出这两种方法之间的区别吗？哪种方法更适合用于多变量分析？
解决方法
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