有效地找到所有简单路径的子集R,igraph

问题描述

我想要一个相对较大的网络(~1k 节点和 5k-50k 边)中所有简单路径的子集。目前,我生成所有简单路径 (igraph::all_simple_paths),然后进行子集化。然而,all_simple_paths 对于较大的网络来说是内存和时间密集型的,而且由于我不需要所有路径,运行它似乎是一种浪费。

我目前的策略是将网络随机下采样到合理数量的边 --> all_simple_paths --> 子集。重复几次并组合似乎给出了合理的结果。但是,这仍然花费时间生成我不使用的路径。 有什么更好的方法可以做到这一点?

为了清楚起见,任何生成所有简单路径的代表性子集的算法就足够了。我认为“代表性”是指无偏的随机样本。


编辑:我看到 this answer 解决了类似的问题,但它比我的网络的 all_simple_paths-->subset 慢很多倍。

解决方法

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