将长度添加到系统发育树中的标签

问题描述

我希望使用 R 将我以 .ph 格式保存的系统发育树可视化。目前我已经成功地将树可视化，并且还能够使系统发育树的分支长度与.ph 文件中的实际长度。我正在使用以下代码

protien1Tree <- ape::read.tree(file="tree.ph")
jpeg("tree.jpg",width = 700,height = 700)
plot(protien1Tree,use.edge.length=TRUE)
dev.off()

此代码生成如下树

Sample plot image

树不包含与分支相关的距离值。我查看了 here 中提到的 plot 函数的文档，发现无法将距离添加到树

任何有关如何进行的指导将不胜感激

附言我添加了我所需的输出格式示例和 .ph 文件以供进一步参考

Required format

示例 .ph 文件

((NZ_CP014692.1:0.369708,((
NZ_CP022699.1:0.338805,NZ_LN609302.1:0.338805):0.364576,(
NZ_CP015168.1:0.129678,NZ_AP018515.1:0.129678):0.364576):0.369708):0.374165,(((
NZ_CP023657.1:0.0396982,NZ_CP021524.1:0.0396982):0.358596,NZ_CP023189.1:0.358596):0.368288,(((
NZ_CP014687.1:0.293635,NZ_LN606600.1:0.293635):0.342745,((
NZ_CP011120.1:0.0026264,NZ_CP022374.1:0.0026264):0.0458183,(((((((
NC_017100.1:0,NC_017121.1:0):0,NC_017125.1:0):0,NC_017146.1:0):0,NC_017111.1:0):0,NC_017150.1:0):0,NC_017108.1:0):0.00525279,NZ_AP014881.1:0.00525279):0.0458183):0.342745):0.358053,NZ_CP015164.1:0.358053):0.368288):0.374165):0.374165;

解决方法

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