为每条边寻找间接节点在 R 中

问题描述

我有关于在特定医院共同工作的医生组的信息。一名医生可以同时在多家医院工作。我想编写一个代码，输出在给定医院工作的给定医生的所有间接同事的信息。例如，如果我在给定的医院工作，另一位医生也在另一家医院工作，我想知道我的同事在这家医院工作的医生是谁。

考虑三个医院（1、2、3）和五位医生（A、B、C、D、E）的简单示例。 A、B、C医生在医院一起工作 1. A、B、D医生在医院一起工作 2. B和E医生在医院一起工作 3.

对于在给定医院工作的每位医生，我希望通过他们的每个直接同事获得他们间接同事的信息。例如，医生 A 通过医院 1 的医生 B 有一个间接同事：这是医院 3 的医生 E。另一方面，医生 B 通过医院 1 的医生 A 没有任何间接同事。医生 C 有两个间接同事通过医院 1 的医生 B：他们是医院 2 的医生 D 和医院 3 的医生 E。依此类推..

以下是描述所有医院医生网络的对象：

edges <- tibble(hosp  = c("1","1","2","3","3"),from = c("A","A","B","C","D","E"),to   = c("C","E","B")) %>% arrange(hosp,from,to)

我想要一个产生以下输出的代码：

output <- tibble(hosp     = c("1",from     = c("A",to       = c("C","B"),hosp_ind = c("","","2"),to_ind   = c("","D")) %>% arrange(hosp,to)

解决方法

这是一个使用 igraph + data.table

的选项

library(igraph)
library(data.table)

g <- simplify(graph_from_data_frame(edges,directed = FALSE))
res <- setDT(edges)[,c(.SD,{
    to_ind <- setdiff(
      do.call(
        setdiff,Map(names,ego(g,2,c(to,from),mindist = 2))
      ),from
    )
    if (!length(to_ind)) {
      hosp_ind <- to_ind <- NA_character_
    } else {
      hosp_ind <- lapply(to_ind,function(v) names(neighbors(g,v)))
    }
    data.table(
      hosp_ind = unlist(hosp_ind),to_ind = rep(to_ind,lengths(hosp_ind))
    )
  }),.(id = seq(nrow(edges)))
][,id := NULL][]

你会得到

> res
    hosp from to hosp_ind to_ind
 1:    1    A  B        3      E
 2:    1    A  C     <NA>   <NA>
 3:    1    B  A     <NA>   <NA>
 4:    1    B  C     <NA>   <NA>
 5:    1    C  A        2      D
 6:    1    C  B        2      D
 7:    1    C  B        3      E
 8:    2    A  B        3      E
 9:    2    A  D     <NA>   <NA>
10:    2    B  A     <NA>   <NA>
11:    2    B  D     <NA>   <NA>
12:    2    D  A        1      C
13:    2    D  B        1      C
14:    2    D  B        3      E
15:    3    B  E     <NA>   <NA>
16:    3    E  B        1      A
17:    3    E  B        2      A
18:    3    E  B        1      C
19:    3    E  B        2      D

此外，当您运行 plot(g) 时，您将看到如下图