在没有超线程的情况下运行并行作业 Torque PBS 脚本

问题描述

是否可以禁用超线程？或者通过扭矩 PBS 脚本的方式仅使用节点中可用的物理内核。

我的问题是，当我使用 node=1:ppn=12 运行 MPI 作业时，它运行速度很好。（第一次迭代需要不到 1 分钟）但是当我使用 node=2:ppn=12 时，速度很糟糕（第一次迭代需要 6 小时以上）

我的扭矩 PBS 作业脚本

  #!/bin/bash
  #PBS -N Vcrlx
  #PBS -q batch
  #PBS -l nodes=2:ppn=12
  #PBS -l walltime=20:00:00
  #PBS -m bea
  #PBS -j oe 
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 24 pw.x  < vcrlx.in > vcrlx.out

尝试过的解决方案

我通过电子邮件向他们发送了有关此超线程问题的电子邮件，但尚未收到回复（10 天）

因为我的代码 Quantum Espresso 可以与 MPI、OpenMP 和混合 MPI+OpenMP 一起运行。我尽我最大的努力去理解所有这些，但没有得到想要的结果。或者可能是因为我对这些事情的背景知识非常贫乏而误解了。

我尝试了很多像下面这样的组合，但没有一个奏效

  #!/bin/bash
  #PBS -N Vcrlx
  #PBS -q batch
  #PBS -l nodes=2:ppn=12::mpiprocs=1:ompthreads=24  <--------------
  #PBS -l walltime=24:00:00
  #PBS -m abe 
  #PBS -j oe 
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 24 pw.x  < vcrlx.in > vcrlx.out

它的输出

     Parallel version (MPI & OpenMP),running on      48 processor cores
     Number of MPI processes:                24
     Threads/MPI process:                     2

     MPI processes distributed on     2 nodes
     R & G space division:  proc/nbgrp/npool/nimage =      24

请帮助我在没有超线程的情况下运行作业。谢谢

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）