问题描述
我正在尝试使用以下命令运行 psiblast：
$ psiblast -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db $dbname -query Q60175.fasta -out_ascii_pssm Q60175.profile
dbname 通过以下方式设置：set dbname = 'path\to\database'
结果：
Error: Too many positional arguments (1),the offending value: Q60175.fasta Error: (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1),the offending value: Q60175.fasta
我在谷歌上搜索了错误消息，手动重新输入复制粘贴“-”没有任何区别。如果我像这样重新排列命令顺序：
$ psiblast -query Q60175.fasta -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db $dbname -out_ascii_pssm Q60175.profile
Q60175.profile 发生同样的错误，如果我最后设置数据库，它不再识别数据库值：
$ psiblast -query Q60175.fasta -out_ascii_pssm Q60175.profile -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db $dbname
导致：
Error: Argument "-db". Value is missing Error: (CArgException::eNoArg) Argument "-db". Value is missing
我的语法或设置数据库的方式有问题吗？
解决方法
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