问题描述
我已经根据参考 [with minimap2] 映射了 pacbio 读取，现在我的输出在 Bam 文件中。我只想从中提取映射的读取。
我试过bamToFastq [samtools bamtofq input.bam | seqtk seq -A > output.fa]，因为我终于想把我的文件放在 fasta 中，但是没有用。
这里有人有解决方案吗？
解决方法
使用 samtools 是一项简单的任务。从mapped.bam你可以调用fasta。
samtools view -b -F 4 file.bam > mapping.bam
