使用 scipy 进行分层聚类和树状图

编程问答 2022-05-14

问题描述

我有一个包含一些数据的 df，我想创建一个树状图以使用字符串进行层次聚类。 为简单起见，我正在考虑以下示例：

Item    Date
item1   1
item//2   2
item3   3
item::4   3
item5   4
item_6   4
item1   4
item12  5
item11  7

数据已按 Date 排序。我想创建一个层次聚类来可视化信息。

但是我收到此错误：

ValueError: Could not convert string to float: 'item1'

来自

import scipy.cluster.hierarchy as hcluster 
from scipy.spatial.distance import pdist

dendrogram=df[['Item','Date']]

X = dendrogram.T.values #Transpose values 
Y = pdist(X)
Z = linkage(Y)
dendrogram(Z,labels = dendrogram.columns)

这个问题（和答案）没有帮助：SciPy Hierarchical String Clustering in Python?

也许我应该创建一个别名而不是使用 item1、item//2、...，因为它们也包含特殊字符。像这样：

Alias Item    Date
1     item1   1
2     item//2   2
3     item3   3
4     item::4   3
5     item5   4
6     item_6   4
1     item1   4
7     item12  5
8     item11  7

然后我可以使用 Alias 而不是 Item。

如果您能提供一些帮助或给我建议，如果您更熟悉树状图和层次聚类及其安装，我们将不胜感激。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

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