问题描述
这是我如何分离数据集中前 10 个订单以绘制相对丰度的代码。我如何将前 10 个订单 + 第 11 个称为其他的组 与剩余数据一起包括在内，以使我的堆积条填充至 100%？
order.sum = tapply(taxa_sums(relabun),tax_table(relabun)[,"Order"],sum,na.rm=TRUE)
top10orders = names(sort(order.sum,TRUE))[1:10]
ps2 = prune_taxa((tax_table(relabun)[,"Order"] %in% top10orders),relabun)
ps_top10orders <- tax_glom(ps2,taxrank = "Order")
ps_top10orders<-transform_sample_counts(ps_top10orders,function(x) x / sum(x))
ps_top10orders<-psmelt(ps_top10orders)
ps_top10orders<-arrange(ps_top10orders,Order)
解决方法
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