根据尖端标签对节点和尖端标签进行着色的系统发育比较

问题描述

我使用 cophylo 中的 phytools 函数绘制了两个面对面的系统发育树，并希望根据它们的标签为节点和尖端标签着色。

plot(cophylo(T1RnB,T2RnB,assoc=assoc))

提示标签示例：

A|A.han
A|D.ehr
D|M.gem
F|P.pri
F|P.sig

_

> write.tree(T1RnB)
(((A|A.han,A|D.ehr)7,D|M.gem)1,(F|P.sig,F|P.pri)67)6;

> write.tree(T2RnB)
(((A|A.han,A|D.ehr)40,F|P.pri)100)46,D|M.gem)9;

> assoc
1 A|A.han A|A.han
2 A|D.ehr A|D.ehr
3 D|M.gem D|M.gem
4 F|P.pri F|P.pri
5 F|P.sig F|P.sig

我想根据第一个字母为节点和提示标签着色。例如，以“A”开头的节点和提示标签为绿色，以“D”开头的为蓝色，以“F”开头的为黄色，等等。

我发现的最接近的例子是根据节点的分支长度或引导（使用颜色渐变）为节点着色。

是否可以根据提示标签进行着色？或者可能为关联文件中的每个节点手动添加颜色标签并相应地为它们着色？

谢谢！

解决方法

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