R - 在合并标准偏差和非合并标准偏差之间切换时，pairwise_t_test 测试统计数据不变

编程问答 2022-05-13

问题描述

在将成对 t 检验作为一种方式重复测量方差分析的事后审查时，我注意到一个奇怪的地方。当我合并标准偏差时，rstatix 库中 pair_t_test 的测试统计量不会改变——实际上没有任何输出改变。

我的理解是，合并标准差的全部意义在于更准确地估计检验统计量。但是，在尝试此操作时，我找不到输出中的差异（见下文）。

我的理解有误吗？合并标准差对多个成对比较（尽管存在球形度）有何影响？

我使用了以下数据设置：

library(rstatix)
library(tidyverse)

selfesteem.test <- selfesteem %>%
  gather(key = "time",value = "score",t1,t2,t3) %>%
  convert_as_factor(id,time)

在以下代码中使用合并标准偏差：

selfesteem.test %>%
  pairwise_t_test(
    score ~ time,paired = TRUE,p.adjust.method = "bonferroni",pool.sd = TRUE
  )

结果：

# A tibble: 3 x 10
  .y.   group1 group2    n1    n2 statistic    df           p    p.adj p.adj.signif
* <chr> <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>       <dbl>    <dbl> <chr>       
1 score t1     t2        10    10     -4.97     9 0.000772    0.002    **          
2 score t1     t3        10    10    -13.2      9 0.000000334 0.000001 ****        
3 score t2     t3        10    10     -4.87     9 0.000886    0.003    **

以下代码：

selfesteem.test %>%
  pairwise_t_test(
    score ~ time,pool.sd = FALSE
  )

结果相同：

# A tibble: 3 x 10
  .y.   group1 group2    n1    n2 statistic    df           p    p.adj p.adj.signif
* <chr> <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>       <dbl>    <dbl> <chr>       
1 score t1     t2        10    10     -4.97     9 0.000772    0.002    **          
2 score t1     t3        10    10    -13.2      9 0.000000334 0.000001 ****        
3 score t2     t3        10    10     -4.87     9 0.000886    0.003    **

解决方法

根据?pairwise_t_test

池化不能推广到配对测试，因此 pool.sd 和 paired 不能都为 TRUE。

如果 pool.sd = FALSE，则将标准的两样本 t 检验应用于所有可能的组对。此方法调用 t.test()，因此接受额外的参数，例如 var.equal。

此外，Usage 确实显示了否定 (!)

pairwise_t_test( 数据， 公式， 比较 = NULL， ref.group = NULL,p.adjust.method = "holm",配对 = FALSE， pool.sd = ！配对， 详细=假， ... )

pairwiserrrstatix