问题描述
我是一名学生，我的报告给我带来了很多问题。我是一个完全的新手，我希望你能帮助我。
我对如何使用 Python 处理以下问题有疑问：
我正在查看一项队列研究，该研究分别调查了与野生型猪相比瘦猪和肥胖猪的突变。我应该确定哪些 SNP 或突变会改变蛋白质的氨基酸序列。这是正在研究的特定染色体。
这是我拥有的文件： 我有一个 VCF 文件，其中包含有关突变的信息。我有一个带有蛋白质编码区的 CDS 注释文件（一个 gtf 文件）。我有一个文件，其中 VCF 文件已与注释文件相交 使用 bedtools，然后我有一个 fasta 文件，其中包含研究的染色体基因组序列。 >
我不确定我是如何解决这个问题的。我认为我必须执行以下操作： 找到编码区，所以我有野生型的编码区。然后从 VCF 文件中提取信息以制作包含突变的序列的文件。然后我可以翻译野生型序列和突变序列，并确定哪些突变导致不同的氨基酸序列。
有没有人有任何提示或指南，我可以使用哪些 python 代码来查找编码区域，还可能从 VCF 文件中提取相关信息？ 我已经用了很多天和几个小时没有真正去任何地方。因此，非常感谢任何帮助！
谢谢！
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！
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