问题描述
我有所有样品的相对丰度 (X)。我还为特定属 (Y) 取了总体的 subset_taxa。我现在如何测量 X 中 Y 的相对丰度？
ps<-phyloseq(ASV,TAX,mapfile,tree)
relabun<-transform_sample_counts(ps,function(x) x / sum(x))
ps_genusP <- subset_taxa(ps,Genus == "D_5__Flavisolibacter" | Genus == "D_5__Halomonas"| Genus == "D_5__Thiobacillus"| Genus == "D_5__Sphingomonas"| Genus == "D_5__Bacillus" | Genus == "D_5__uncultured Acidobacterium sp." | Genus == "D_5__Bradyrhizobium"| Genus == "D_5__Ohtaekwangia"| Genus =="D_5__Steroidobacter")
如何找到 ps（总群落）中 ps_genusP 属的相对丰度？
谢谢
解决方法
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