问题描述
我正在尝试使用来自 here 的 seqff 脚本来研究胎儿分数。该说明说我需要一个无头 sam 文件才能工作，因此在与 bwa 对齐后，我使用 samtools 处理我的 sam 文件： samtools 查看 -S -q 20 target.sam > Treated.sam 由于没有参考文件，此过程还会删除@SG 标头。我还使用 grep 删除对齐后得到的 target.sam 的标题以进行比较。但是，当我进行比较时，我注意到对treated.sam 的ENet 计算返回了NA 结果，因此该脚本计算胎儿分数的方法有一半消失了。我已经在多种情况下对其进行了测试，似乎在不使用 samtools 的情况下，脚本运行良好，但使用 samtools Enet 计算不起作用。有人可以告诉我脚本有什么问题吗？我使用的是 R 4.0，我对脚本所做的所有修改都在 args 上，因为它无法识别我输入的 args。
解决方法
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