问题描述
我想从四个文库的公开可用 SRA 数据中重新组装真核基因组：两个配对末端和两个配对配对，全部使用 Illumina 测序（150 bp 读数）。但是，SRA 元数据并未指明哪些文库是配对末端或配对配对。
通过针对公共可用程序集对 SRA 配对读数进行魔法爆破，我预计配对末端读数将在重叠群/支架上相互映射，而配对对读数将在重叠群/支架上映射得更远。然而，所有四个文库的配对读数通常重叠。
以下是一些提取的数据，将每个库的成对读取（查询）映射到来自 magic-blast 输出文件的组装重叠群（refID）：
queryID refID %_ident q_start q_end r_start r_end
SRR_1.sra.6388.1 S107.1 100 27 127 80397 80497
SRR_1.sra.6388.2 S107.1 100 1 101 80497 80397
SRR_2.sra.576423.1 S007.1 100 1 151 297238 297388
SRR_2.sra.576423.2 S007.1 100 58 151 297455 297362
SRR_3.sra.4219.1 S516.1 99.0654 45 151 40745 40639
SRR_3.sra.4219.2 S516.1 99.1379 1 116 40630 40745
SRR_4.sra.3159.1 S557.1 99.3333 1 150 37510 37659
SRR_4.sra.3159.2 S557.1 100 1 151 37706 37556
如上所示，SRR_1 和 SRR_3 读取对映射到（几乎）相同（反向）对应重叠群的坐标。我想如果文库片段来自配对的末端文库并且与读取长度（150 bp）的大小大致相同，这是可能的，但我预计会产生更长的文库片段（300-600 bp）。
SRR_2 和 SRR_4 读取对的映射坐标是偏移的，但仍然重叠（在许多情况下，重叠与 SRR_1 和 SRR_3 对一样广泛）。如果它们来自配偶对库，我希望它们映射到相同的重叠群，但彼此之间有数百个碱基对。
我的工作假设是所有四个库都是由非常小的片段组成的，但也许还有另一种可能的解释。或者也许我对配对末端和配对读取映射的期望是错误的。有什么见解吗？
解决方法
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