无法使用包 DHARMa

编程问答 2022-05-12

问题描述

我曾尝试使用包 glmmTMB 为 DHARMa 模型生成诊断图，但没有成功。此 vignette 中的示例 1.1 给出：

owls_nb1 <- glmmTMB(SiblingNegotiation ~ FoodTreatment*SexParent +
                         (1|nest)+offset(log(broodSize)),contrasts=list(FoodTreatment="contr.sum",SexParent="contr.sum"),family = nbinom1,zi = ~1,data=Owls)
plot(owls_nb1_simres <- simulateResiduals(owls_nb1) )

# Error in on.exit(add = TRUE,{ : invalid 'add' argument

同样的情况：

if (!require(RCurl)) install.packages('RCurl'); library(RCurl)
unicorns <- read.csv(text= RCurl::getURL("https://raw.githubusercontent.com/marcoplebani85/datasets/master/unicorns.csv")) 
# simulated data,obvIoUsly
unicorns_glmmTMB <- glmmTMB(Herd_size_n ~ food.quantity
                        + (1 + food.quantity | Locality)
                        + (1 + food.quantity | Year_Month),family="poisson",data=unicorns)

plot(simulateResiduals(unicorns_glmmTMB))
# Error in on.exit(add = TRUE,{ : invalid 'add' argument

如果我在 lme4::glmer 中运行相同的模型：

unicorns_glmer <- glmer(Herd_size_n ~ food.quantity
                        + (1 + food.quantity | Locality)
                        + (1 + food.quantity | Year_Month),data=unicorns)

...并将其“喂”给：

plot(simulateResiduals(unicorns_glmer))

我获得了没有问题的诊断图（顺便说一下，我知道模型 unicorns_glmer 是次优的，可以改进）。

我正在使用：

  • glmmTMB 版本 1.0.2.9000 从 github 全新安装；
  • DHARMa 0.4.1 版；
  • R 3.6.3 版；
  • MacOS Sierra 版本 10.12.6。

有人遇到过同样的问题吗？有大佬知道怎么解决吗？

编辑：我的问题最初是关于包 performance 和 DHARMa 如何处理 glmmTMB 对象。为了重点和清晰起见，我删除了对包 performance 的引用，从而使这个问题特定于 glmmTMB 和 DHARMa。

解决方法

看起来这是一个存在于 R bug。来自 4.0.2 版的 R NEWS file：

on.exit() 现在可以正确匹配命名参数，这要归功于 Brodie Gaslam 的 PR#17815（包括补丁）。

我已尝试修复 glmmTMB 代码，以便解决该错误。

你可以试试

remotes::install_github("glmmTMB/glmmTMB/glmmTMB@on_exit_order")

看看这是否有帮助（如果没有出错，这个分支应该很快合并到 master ......）

diagnosticsglmmtmbrr